永観2年（984年）8月27日、花山天皇が皇位を継いだ時、皇嗣に立てられる。寛和2年（986年）6月23日（8月1日）、花山天皇が内裏を抜け出して出家したため、数え年7歳で即位した。これは孫の早期即位を狙った兼家の陰謀と言われる（寛和の変）。皇太子には従兄にあたる居貞親王（三条天皇）を立て、摂政に藤原兼家が就任した（のちに関白）。
兼家の死後は長男の道隆が引き続き外戚として関白を務め、一条天皇の皇后に娘の定子を入れ、中宮を号させるが、長徳元年（995年）に病没。代わりに弟の道兼が関白に就任するがわずか7日後に没し、道隆の子伊周との争いに勝利した道隆・道兼の弟道長が、姉で天皇の生母・詮子の推挙を受け、内覧となって実権を掌握した。道長は先に中宮を号していた定子を皇后宮と号し、娘の彰子も皇后に立てて中宮を号させる事で、一帝二后（いちていにきさき）の先例を開いた。
一条天皇の時代は道隆・道長兄弟のもとで藤原氏の権勢が最盛（さいせい）に達し、皇后定子に仕える清少納言、中宮彰子に仕える紫式部・和泉式部らによって平安女流文学が花開いた。天皇自身、文芸に深い関心を示し、『本朝文粋』などに詩文を残している。音楽にも堪能で、笛を能くしたという。また、人柄は温和で好学だったといい、「人々が寒がっているのに自分だけ暖かくして寝ているわけにはいかない」と言い寒い夜にわざわざ服を脱いだという逸話もあり、多くの人に慕われた。